不管影像学形态如何，内口的正确定位都是比较困难的。如何确定内口的真正部位及其高度？依据腺源性肛瘘学说，绝大多数内口位于肛管后正中齿线处。然而，即使应用MRI腔内线圈，齿线也不能作为一个独立的解剖实体在MRI影像学上确定，只能应用其他的影像学标志评估。齿线大约位于肛管的中部，通常是耻骨直肠肌上缘与外括约肌皮下部中间。

括约肌上方瘘和括约肌外侧瘘都可能穿过耻骨直肠肌进入盆底。然而，两者内口所处的部位却完全不同。通常括约肌上方瘘内口位于肛管部位，而括约肌外侧瘘位于直肠（图3-6，图3-7）。因为经括约肌肛瘘穿过外括约肌，在横截面有典型特征。但是，对一些患者而言，MRI不能沿瘘管追踪到肛管，在这种情况下，只能根据瘘管的形态理性地推测内口可能的部位。