与张居正失和

隆庆四年（1570年）六月，刘光济奉调南京户部右侍郎，总督南粮储。隆庆五年，又从户部改调吏部。次年，转为吏部左侍郎。

时任吏部尚书是山西人杨博。杨博知人善任，对刘光济推崇有加，两人合作得很愉快。万历元年（1573年），杨博因病退职，吏部的工作临时由刘光济主持。刘光济工作起来一丝不苟，从来公私分明，不会利用职权为别人办任何私事。

然而，那时的首辅是张居正。张居正独断专行，内外大计，都由他一人说了算，其他人都只能奉行其事。而刘光济为人耿介，两个强势之人打交道，必然会导致矛盾。这期间发生了一件事。

这一年，成国公朱希忠去世，他的弟弟锦衣都督朱希孝贿赂宦官冯保，并说服了首辅张居正，请求赠封王号。吏部郎中陈有年坚决不同意，他在奏折里说，根据大明律典，朱希忠没有讨敌功勋，死后不可封赠为王。刘光济也认可陈有年的观点，但是迫于张居正的威势，他违心篡改了陈有年的奏稿。最后，朝廷违背律法，追封朱希忠为定襄王。

这是刘光济一辈子做的一件窝囊事。有一天，刘光济忽然大发感慨地说：“这样的工作还是到此为止吧。”于是三上奏折，以养病为由要求去职回乡。张居正知道刘光济的个性，极力挽留他，但他坚决请辞。张居正念其劳苦功高，任命他为南京工部尚书。